隋唐時期，南京的城市地位一落千丈，鐘山和玄武湖也都被冷落，大書法家顏真卿任昇州刺史時，一度改玄武湖為“放生池”。不少著名詩人如李白、杜牧、韋莊、李商隱等則面對玄武湖地位的滄桑巨變大發(fā)感慨，如李白有“空余后湖月，波上對江州”之句。到南唐時期，玄武湖一度復興，以致南唐大臣馮謐貪戀湖中“名目勝境，掩映如畫”，而向皇帝提出能否將湖贈給他為私園的請求，此事因遭到徐玄的阻止而作罷。南唐時期的鐘山同樣也得到朝廷的重視，后主李煜在這里建“報慈道場”，權臣李建勛于鐘山大興亭榭，而且自稱“鐘山公”，其妻還自稱“鐘山老媼”。兩宋至元代近400年間，鐘山及玄武湖均因遠離城市而未受重視，這一時期，南京城的北城墻在今珠江路以南一線（今北門橋是當時的城墻北門所在），鐘山、玄武湖都在東、北郊一帶，尤其是玄武湖，在北宋年間，一度還被江寧府尹王安石“廢湖為田”，直到元代1301—1343年間才逐漸蓄水還湖，此間長達200多年，復活后的玄武湖面積比之六朝時期已大為縮小。
鐘山和玄武湖的第二次真正復興應是在明代。明代對這兩片區(qū)域有三個重大影響，一是把這兩個區(qū)域分別建成了“禁區(qū)”，鐘山成為洪武帝朱元璋的陵寢所在，整個鐘山周圍以長20多公里的紅墻作為界隔，又以數千軍人組成的“孝陵衛(wèi)”駐守保衛(wèi)，任何閑雜人等不得進入陵區(qū)；玄武湖則于洪武初年成為貯存全國人口、田畝檔案（時稱“黃冊”）的“黃冊庫”所在，也一律禁止民眾入內，時人無可奈何寫詩說“為貯版圖人罕到，只余樓閣夕陽低”；在玄武湖東北側還建有刑部以及三法司等中央法律、監(jiān)獄機構。二是把京師城墻建到鐘山腳下和玄武湖南岸、西岸一側，使鐘山、玄武湖與主城區(qū)及覆舟山、雞籠山之間多了一道無法逾越的高墻，徹底改變了六朝以來南京城市北部的山水相連的視覺景觀，同時，也阻斷了玄武湖此前與長江的連通，使玄武湖的水面進一步縮小。三是在鐘山和玄武湖結合部建太平門一座，為了出城行走方便，又在太平門外建“太平堤”（后稱鴣棲埂、孤凄埂，今成為龍蟠路一段），將玄武湖緊貼鐘山西麓的一片湖面隔為“中湖”（現“中湖”之遺跡還保存于白馬公園內），從而徹底把原先連綿一片的鐘山——玄武湖區(qū)域人為分成兩地，改變了此前這一地區(qū)千萬年以來的山水格局。
改朝換代之后的有清一代，玄武湖、鐘山都不再作為皇家禁區(qū)，鐘山除明孝陵寢區(qū)還受清廷維護外，其他地區(qū)任人拆墻砍樹，以致于到晚清時，20多公里的孝陵墻已幾乎不見片瓦，鐘山上下也是一片光禿，太平天國戰(zhàn)爭時還把孝陵的所有木結構建筑悉數焚毀。玄武湖也逐漸變成農民和漁人的耕、獵之所。
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